水湾站位于太子路与水湾路交叉路口的西侧，沿太子路正下方平行设置，车站大致呈东至西走向。车站临近南水步行街、海上世界等深圳著名商业中心及旅游景点，北侧有招商发展中学及两所重点学校：育才小学、育才中学。 该站为地下站。

C出口： 太子路北侧、水湾路、南水村、蛇口电视台、深圳市南山育才第一小学、深圳市南山育才中学
D出口： 太子路北侧、景凤公园 、海棠汽车站、荔园路

公交换乘信息
地铁出口：C
公交站名：招商大厦站（350米） J1、K204、M241、B687、355、77、331、B700、K105、204、226、N1、N4、K115
地铁出口：D
公交站名：蛇口科技大厦（500米） B687、K204、机场10线、113、K113、226、328、海滨线(观光巴士④线)