蛇口港站站位于深圳市南山区蛇口港客运码头旁，港湾大道南侧，车站呈西南至东北走向。车站周围有蛇口港客运码头、蛇口海关。该站为地下站

C出口： 港湾大道（东）、南海大道、蛇口客运码头
D出口： 港湾大道（西）

公交换乘信息
地铁出口：C
公交站名：蛇口港站(20米） 70、77、204、226、328、329、331、332、355、B601、B687、K105、K113